自建厂房验收通常由建设行政主管部门负责。具体来说，验收过程可能涉及以下方面：

建设行政主管部门：

负责全国房屋建筑工程和市政基础设施工程的竣工验收备案管理工作。

规划部门：

进行规划验收，确保厂房建设符合规划要求。

人防办、武装部、消防队单位：

共同验收人防工程。

质量监督站：

监督组织的由建设单位、设计、勘察、施工图审查机构、施工单位、监理单位、商品混凝土单位、检测单位等各方责任主体参加的竣工验收。

住房和城乡建设局：

全面检查房屋结构、安全、功能等。

其他相关部门：

可能包括环保、绿化、防雷等部门，根据具体情况参与验收工作。

验收时，工程施工方、监理单位、技术审查机构和甲方等各方需共同参与，组成验收小组，对厂房施工质量进行查验。验收合格后，通常会发放竣工验收合格证，并归还建房的保证金