完税证明用于抵扣税款的流程通常包括以下几个步骤：

勾选确认

登录国家税务总局电子税务局或相关税务平台。

进入【业务办理】模块，选择【发票勾选确认】或【抵扣类勾选】。

在抵扣勾选功能页面，选择【代扣代缴完税凭证】或【海关进口增值税缴款书】。

根据需要勾选或撤销勾选相应的完税证明。

采集数据

对于纸质的海关完税凭证，需要手工录入采集信息或使用税务数据采集软件进行批量采集。

确保录入的信息准确无误，并生成相应的申报文件。

申报抵扣

在规定的纳税申报期内，将勾选确认或采集的完税证明信息填写到增值税纳税申报表中。

提交申报表，并在申报时随同纳税申报表一并报送海关完税凭证抵扣清单的电子数据。

注意事项

增值税一般纳税人取得的海关完税凭证，应在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前申报抵扣。

抵扣前需核对完税证明与发票的合法性，确保符合规定税率或征收率计算的增值税税额。

逾期不得抵扣进项税额。

请根据最新的税法规定和操作流程进行操作，若有变动请以最新信息为准。