委托加工材料的清查方法通常采用实地盘点法。由于委托加工材料一般存放在受托方处，不便于现场查看，因此，可以通过以下步骤进行清查：

账簿核实：

首先通过查阅委托加工公司的账簿记录，了解材料的数量、规格、价值等信息。

询证函：

向受托方发送询证函，确认委托加工材料的数量、规格、价值等信息。

实地盘点：

如果条件允许，可以实地到受托方存放委托加工材料的地方进行盘点，以核实材料的真实情况。

技术推算法：

当实地盘点不可行时，可以采用技术推算法，通过计算和估算来确定材料的数量。

抽样盘存法：

通过抽取部分材料进行盘点，然后根据抽样结果推断整体材料的数量。

函证核对法：

通过向受托方发函，请求对方提供关于委托加工材料的详细资料，并进行核对。

通过上述方法，可以较为准确地清查委托加工材料的数量和价值。需要注意的是，在进行材料清查时，还应考虑相关的税费因素。