减免税款应该计入“应交税费-减免税款”科目。具体会计分录如下：

1. 对于直接减免的增值税，会计分录为：

```

借：应交税费——应交增值税（减免税款）

贷：补贴收入

```

2. 对于减免的增值税，会计分录为：

```

借：应交税费——应交增值税（减免税款）

贷：营业外收入

```

3. 对于疫情期间的减免税费，会计分录可能包括：

```

借：银行存款

贷：主营业务收入 应交税费——应交增值税

借：应交税费——应交增值税（减免税额）

贷：其他收益

```

这些会计分录反映了企业实际收到的税收优惠，并准确反映了企业应缴纳的实际税款金额。