公司应缴纳的税种主要包括：

流转税

增值税

消费税

营业税（已取消，被增值税替代）

城市维护建设税

所得税

企业所得税

个人所得税（由公司代扣代缴）

其他税种

资源税

房产税

城镇土地使用税

印花税

车船税

土地增值税

车辆购置税

契税

耕地占用税

企业应根据自身业务情况和当地税法规定，按时足额缴纳税款，以享受法律保护并履行社会责任。