当开票金额超出核定额度时，纳税人需要按照以下步骤进行交税：

收集证据

收集完整的销售发票、凭证等证据，以证明开票的合理性。

缴纳税款

确定开票项目和税款金额，根据相关规定缴纳当期应纳税款。

报送发票

将开票金额超出核定额度的发票在规定时间内报送税务机关。

报送税务申报表

将超出限额的发票数据纳入税务申报表，上报税务机关。

补税

根据税务机关的要求，补缴剩余税款。

重新核定定额

如果经营额、所得额连续纳税期超过定额，税务机关会按规定重新核定定额。

纳税流程

如果已经办理银税协议，可以直接通过银行扣款缴税；

如果没有办理协议，需要到税务局开出税收缴款书，然后亲自到银行缴税。

税率适用

增值税小规模纳税人通常适用3%的税率；

超出部分可能需要按核定税率缴纳税款。

特别注意

如果年销售额超过500万，个体户必须转为一般纳税人，并按照一般纳税人的税率（如17%）交税。

请根据您的具体情况，咨询当地税务局或专业税务顾问，以获得最准确的指导和帮助。