新公司启动资金应该入账到公司的资本账户中。资本账户反映了公司的所有者投入的资本，是公司经营的基础，并在公司出现资金盈余或亏损时通过这个账户进行调节。

确定资本账户

在财务系统中设置资本账户。

记录启动资金的金额和来源。

资金转入

将启动资金从公司银行账户转入资本账户。

确保所有相关文件得到妥善处理和记录。

资本账户维护

在公司运营过程中，根据资本账户的情况进行资金调度。

反映资本账户的变动，如增加或减少。

请根据公司的具体情况和当地会计规定进行操作，并确保所有会计分录符合相关法规要求。