要查询对方是否已经抵扣了进项发票，您可以采取以下几种方法：

开具发票方的财务操作

在开票系统软件中尝试红冲操作，如果系统提示“该发票已经抵扣”，则说明对方已经抵扣了进项。

税务机关查询

将发票带到所属的税务机关进行查询，税务机关可能不会提供书面材料，但可能允许拍照确认。

通过税务局网站或电话咨询服务，提供发票号码等信息进行查询。

对方公司查询

如果知道对方公司的税号和网上报税密码，可以登录网上报税系统查询认证抵扣的发票。

携带发票原件到对方公司的国税分局大厅，由工作人员帮助查询。

电子发票服务平台

登录电子发票服务平台，进入红字发票开具或确认信息录入，筛选出需要查询的发票，系统会显示发票的用途确认信息。

财税工具查询

使用财税软件录入专票的完整信息后，查看是否有被抵扣的情况。

税控发票查询系统

登录税控发票查询系统，根据发票的相关信息进行查询，如发票代码、号码、购买方名称、税号等。

企业开票系统查询

如果企业有开票软件，输入发票号可以查询发票的开具记录和抵扣状态。

声明查询

如果已将发票申报，可通过当地财税部门来查询发票的抵扣情况。

请根据具体情况选择合适的查询方法。