企业支付的网银短信服务费通常应计入财务费用科目。具体的会计分录如下：

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借：财务费用——手续费

贷：银行存款

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这个分录反映了企业支付给银行的短信服务费用，并减少了企业的银行存款余额。月末进行费用结转时，可以将财务费用——手续费转入本年利润科目：

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借：本年利润

贷：财务费用——手续费

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这样的处理符合会计原则，能够准确反映企业的财务状况和经营成果。