当企业单位的产品采购过程中，员工垫付采购款项时，企业单位财务核算应如下处理：

1. 员工垫付的采购款项应计入“其他应付款”科目项下。

2. 会计核算分录为：

借：产品采购成本 或 原材料科目

借：增值税进项税

贷：其他应付款——个人垫款

3. 当采购员报销代垫的采购款时，会计分录为：

借：其他应付款——货物采购、服务采购或费用采购

贷：银行存款或库存现金

4. 如果公司给项目部垫付的采购款，可以通过定义“应付暂估款”科目来实现入账。

5. 发票认证并入账时：

借：库存商品

应交税费——应交增值税（进项税额）

贷：其他应付款——XX代垫款

6. 报销给采购员时：

借：其他应付款——XX代垫款

贷：银行存款或现金

请根据具体情况选择合适的会计处理方法，并确保所有凭证齐全、准确。