合同扣款通常应记入财务费用科目。具体来说，如果扣款是由于合同违约产生的罚金，那么会计分录如下：

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借：营业外支出-违约金

贷：银行存款

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如果扣款是由于其他业务往来中的服务费用，如退货或售后服务费用等，会计分录可能如下：

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借：财务费用

贷：银行存款

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需要注意的是，扣款的具体会计处理可能因企业的具体业务类型和性质而有所不同，因此在实际操作中应根据企业的会计政策和实际情况进行选择。