物流公司柴油退税的流程一般包括以下几个步骤：

准备材料

柴油的增值税专用发票；

柴油的报关单；

退运证明（如果有）；

其他可能需要的相关文件。

提交申请

将上述材料提交给负责税务的税务局，申请办理退税手续。

税务局审核

税务局会对提交的材料进行审核，确认柴油退税资格和金额。

退税

审核通过后，税务局将退还企业相应的税款。

请注意，退税的具体流程和要求可能会根据地方税务局的规定有所不同，建议直接咨询当地的税务局以获得最准确的信息和指导。此外，退运过程中可能会产生额外费用，如仓储费、运输费等，这些通常需要企业自行承担。