如果公司算错了员工的工资并扣除了错误的税款，以下是补正流程的步骤：

确认错误

公司应仔细核对员工个人所得税的计算和扣除过程，确保确实发生了多扣税的情况，并确定所扣税额的准确数额。

进行纠正

根据员工的同意和税务部门的指引，向税务部门提交纠正报告，解释多扣税的情况，并提供相关的申报和证据。

补发薪资或税额

根据所得税多扣的数额，公司可以将多扣的税款以现金形式返还给员工，或在后续的薪资发放中，将多扣的税款纳入员工的工资支付中进行补偿。

记录和报告

公司应准确记录多扣税的情况和补偿方式，并保留相关的文件和记录以备日后参考。

挂账调整

在下一个薪资发放周期内，调整员工的工资单，将多扣税的金额从应发工资中予以抵扣，或在下个月的薪资发放中，将多扣税的金额作为独立的补偿项目，与工资分开发放给员工。

更正申报

如果涉及往期申报错误，在自然人电子税务局扣缴端更正申报，需要将后面的月份属期一同逐月更正。

重新计算税款