进口机器设备抵扣增值税通常需要遵循以下步骤：

备案登记

在签订进口货物合同后的5日内，到当地税务局进行备案登记。

获取海关增值税票

从海关获取增值税票，该票既是发票联也是抵扣联。

核对与提交

核对增值税票上的信息，确保与合同号一致。

将海关增值税票提交给主管税务机关进行比对。

稽核比对

税务机关在收到稽核函后，会在规定时间内回复稽核结果。

纳税人根据稽核结果进行申报抵扣。

抵扣期限

通常，抵扣期限是自开票之日起180天内有效，但货款必须已经支付。

抵扣申请

根据最新的规定，申请期限可能为360天，纳税人需要在规定时间内提交抵扣申请。

抵扣凭证