员工会费的处理方式如下：

计提工会经费

当企业需要支付工会经费时，应计入“管理费用—工会经费”科目。

相关会计分录为：

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借：管理费用——工会经费

贷：应付职工薪酬——工会经费

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代扣代缴

如果员工是工会会员，企业可以从员工工资中扣除工会会费。

相关会计分录为：

```

借：应付职工薪酬——工资

贷：其他应付款——工会会费

```

员工直接缴纳

员工也可以直接将现金缴纳给工会。

相关会计分录为：

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借：其他应付款——工会会费

贷：银行存款

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会费使用

员工缴纳的会费主要用于工会组织的活动，如购买书籍、组织文娱体育活动、劳动竞赛等。

会费收入应全部留在基层工会掌握使用，并向会员公布收支情况。

请注意，根据《中国工会章程》的规定，只有加入工会的员工才需要缴纳会费，如果员工未加入工会而直接扣除会费，可能会被视为违法行为。