工程结算科目是在施工企业与业主办理工程价款结算时确认的。具体操作步骤如下：

1. 当施工企业根据工程施工合同的完工进度，向业主开出工程价款结算单时，若此时还不满足收入确认的条件，不能直接借记应收账款，贷记主营业务收入科目。

2. 此时，施工企业使用“工程结算”科目作为“主营业务收入”的过渡替代科目进行核算，以反映在资产负债表上。

3. 在开具结算单并办理结算时，应根据结算单所列金额进行会计分录：

```

借：应收账款

贷：工程结算

应交税费-应交增值税（销项税额）

```

这个会计分录反映了企业应收的工程款项以及应缴纳的增值税销项税。

需要注意的是，工程结算科目最后是否有余额取决于实际的结算情况和企业的会计政策。如果结算完成后，应收账款中的金额已经结清，则“工程结算”科目也会相应结平。