当企业发生存货亏损时，会计分录的处理如下：

1. 批准处理前：

```

借：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢

贷：原材料/库存商品等

应交税费——应交增值税（进项税额转出）

```

2. 批准处理后，根据不同原因进行分录：

因收发计量差错或管理不善导致的盘亏：

```

借：管理费用

贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢

```

因自然灾害等非正常原因导致的盘亏：

```

借：营业外支出

贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢

```

应收责任人或保险公司的赔款：

```

借：其他应收款

贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢

```

如果涉及进项税额转出，根据具体情况处理：

```

借：应交税费——应交增值税（进项税额转出）

贷：待处理财产损溢——待处理流动资产损溢

```

请注意，这些会计分录是基于一般情况，具体操作时可能需要根据企业的实际情况和当地会计政策进行调整。