当企业的发票流向与资金流不一致时，可以采取以下措施解决问题：

与客户协商：

核实交易金额并及时更正发票信息。

账目调查：

对账目进行审查，查找可能的问题和漏洞。

税务机关配合：

积极响应税务机关的质询，并配合调查工作。

内部管理加强：

建立完善的会计核算和财务审查制度，确保账目准确性和真实性。

合同审查：

确保合同主体与发票开具主体一致，若不一致应重新签署合同。

发票数据核查：

检查发票数据的输入是否正确，并加强操作人员培训，减少操作失误。

遵循规定：

确保发票、合同和资金流“三流一致”，即发票流与合同主体一致，商品发票选择合适的税收分类编码，并坚决杜绝买卖发票的行为。

处理建议：

如果存在审计风险，建议咨询当地税务部门获取专业指导。

如果问题复杂或涉及大额资金，建议寻求专业会计或税务顾问的帮助。