当企业收到询证函并且发现回函内容与询证函要求不符时，应该按照以下步骤进行回复：

核实原因

首先确认不符的具体内容。

可能是由于误解、信息不对称或数据错误造成的。

沟通与更正

立即与询证函发送方进行沟通。

说明不符的情况，并提供相关证据支持自己的立场。

回函格式

在询证函的“数据不符”部分列明不符的金额。

如实填写不符的详细情况。

根据询证函的要求，可能需要加盖公司公章或财务章。

遵守规定

按照询证函上注明的地址，将回函直接邮寄给会计师事务所。

确保回函内容真实、准确，遵循相关法律法规。

专业意见

如果双方无法达成一致，可以咨询专业法律意见。