通行费在税务申报中的填写方法如下：

增值税纳税申报表附列资料（二）

将通行费发票勾选后，需要按照增值税专用发票的情况进行填写。

在《增值税纳税申报表附列资料（二）》的“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中填写。

ETC通行费发票

在申报表的“经营费用”一栏中的“其他”项中填写手续费用，并计算总金额。

在“摘要”一栏中说明具体事项，如“ETC通行费用”。

在“付款”栏中填写支付方式，如“现金”、“银行转账”或“其他付款方式”。

在“详细内容”栏中填写ETC通行费发票号、通行里程、单价等详细信息。

高速公路通行费

高速公路通行费可抵扣进项税额计算公式为：`高速公路通行费发票上注明的金额 ÷ （1 + 3%） × 3%`。