处理手写发票作废的步骤如下：

收回所有联次：

确保收回所有已开具的发票联和抵扣联。

注明“作废”：

在发票联和抵扣联的显著位置注明“作废”字样。

加盖作废章：

在注明“作废”的字样上加盖发票专用章或作废发票专用章。

保持整洁：

确保发票整洁，没有污损或折叠。

存根联处理：

将作废的发票联和抵扣联与存根联一起粘贴在存根联首页右上角。

财务章和负责人章：

在作废发票存根联与未使用的发票存根联的折叠处加盖财务专用章和负责人章。

放入专用箱：

将处理好的作废发票存根联与未使用的发票存根联一起放入作废发票专用箱中。

保存记录：

作废的发票需要由开票方保存，不得再次使用，并作为凭证。

跨月作废：

如果是跨月作废，需要在税控系统中输入发票代码，并开具红字发票进行冲销。

税务核销：

等发票用完或到期后，到税务局进行核销。

请确保遵循当地税务机关的具体规定和流程，因为不同地区可能有细微差别。