旅行社在计算应纳税额时，可以选择以下两种计税方法：

差额计税方法

允许扣除实际发生的费用，如住宿费、餐费、交通费、签证费、门票费等。

扣除费用后，按照剩余金额计算应纳税额。

对于一般纳税人，计算公式为：

```

应纳税额 = （全部价款和价外费用 - 扣除费用） / （1 + 6%） × 6% - 进项税额

```

对于小规模纳税人，计算公式为：

```

应纳税额 = （全部价款和价外费用 - 扣除费用） / （1 + 3%） × 3%

```

扣除的费用部分不能开具增值税专用发票，只能开具普通发票。

全额计税方法

按照全部价款和价外费用计算应纳税额。

可以全额开具增值税专用发票。

对于一般纳税人，计算公式为：

```

应纳税额 = 全部价款和价外费用 / （1 + 6%） × 6%

```

对于小规模纳税人，计算公式为：

```

应纳税额 = 全部价款和价外费用 / （1 + 3%） × 3%

```

旅行社在开具发票时，需要注意：

选择差额计税方法的纳税人，对于扣除部分费用不能开具增值税专用发票，但可以开具普通发票。

选择全额计税方法的纳税人，可以全额开具增值税专用发票。

旅行社需要根据最新的税收政策、自身的业务特点以及是否为一般纳税人或小规模纳税人来决定采用哪种计税方法。此外，旅行社还需缴纳城市维护建设税、教育费附加等附加税费，并可能需要代扣代缴员工个人所得税