物流公司上税的计算方法主要涉及以下几个方面：

增值税计算

# 一般纳税人

销项税额：根据开票收入计算，税率通常为9%。

进项税额：根据购买原材料、服务等可抵扣成本计算。

应纳税额：销项税额 - 进项税额。

# 小规模纳税人

免征额度：季度销售额不超过30万元免征增值税。

征收率：超过免征额度部分按3%征收。

城市维护建设税和教育费附加

城市维护建设税：根据实际缴纳的增值税计算，市区7%，县城、镇5%，其他地区1%。

教育费附加：按实际缴纳的增值税计算，征收率为3%。

地方教育附加：按实际缴纳的增值税计算，征收率为2%。

企业所得税计算

应纳税所得额：收入总额 - 不征税收入 - 免税收入 - 各项扣除金额 - 允许弥补的以前年度亏损。

适用税率：一般企业所得税率为25%，符合条件的小型微利企业减按20%，国家重点扶持的高新技术企业减按15%征收。

其他税种

印花税：营业收入的一定比例计算。

土地使用税：土地使用面积乘以单位税额。

房产税：房产评估价值的一定比例计算。

个人所得税：根据员工工资薪金等计算。

示例计算

假设物流公司为一般纳税人，当月提供运输服务收入为10万元，销项税额为10万×9%=0.9万元，当月可抵扣的进项税额为0.5万元，则当月应缴纳增值税为0.9万-0.5万=0.4万元。

请根据实际业务情况和当地税收政策进行具体计算。