工程结算款的会计分录主要包括以下几个步骤：

登记实际发生的合同成本

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借：工程施工

贷：应付工资/库存商品/原材料等

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登记已结算的工程价款

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借：应收账款

贷：工程结算

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登记已收的工程价款

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借：银行存款

贷：应收账款

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登记确认的收入、费用和毛利

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借：工程施工——毛利

贷：主营业务成本

借：主营业务收入

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工程完工时对冲“工程施工”与“工程结算”科目的余额

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借：工程结算

贷：工程施工

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以上步骤涵盖了从发生成本、结算价款、收到款项到最终确认收入和毛利的整个过程。需要注意的是，具体的会计分录可能会根据企业的实际情况和会计政策有所不同。