已认证的发票原则上不允许作废，但有一些特定情况下可以通过开具红字发票来处理。以下是处理已认证发票作废的步骤：

开具红字发票申请单

由受票方（即认证发票方）向主管税务局说明情况，并填报《开具红字增值税专用发票申请单》。

税务局审核

税务局对申请单进行审核，审核通过后出具《开具红字增值税专用发票通知单》。

开具红字发票

受票方将《通知单》交给开票方，开票方凭此《通知单》开具负数发票（即红字发票）冲减当期销售。

进项税额转出

受票方需要根据《通知单》所列的增值税税额从当期进项税额中转出。

记账凭证

待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。

请注意，如果发票已经被认证并且已经用于抵扣进项税额，则通常不能直接作废，必须按照上述流程开具红字发票来处理。此外，在处理过程中应确保与购销双方进行充分沟通，并妥善保存所有相关的文档和记录，以备税务检查之需