处理企业税务纠纷通常需要遵循以下步骤：

详细了解情况

清楚了解税务纠纷的具体情况，包括业务发生、纳税义务、税费计算和缴纳等。

沟通与协商

与税务部门进行沟通，虚心听取他们的意见和理由。

通过友好、平等的对话，寻求共同认可的解决方案。

利用法律途径

如果协商无果，可以选择税务行政复议，即向上一级税务机关提出复议申请。

若对行政复议结果不满意，可以进一步提起税务行政诉讼。

专业咨询

寻求专业财税咨询机构的帮助，以获得更专业的法律和技术支持。

合同条款

在合同中明确争议解决条款，包括争议解决的方式、程序及时限等。

继续履行合同

在争议解决期间，除非争议事项，双方应继续履行合同的其他条款。