免税企业在处理发票时，应遵循以下步骤：

核对发票信息

确认发票号码、开票日期、销售方名称、纳税人识别号等信息无误。

登记入账

将免税发票信息记入财务账簿，包括发票号码、开票日期、销售方名称、纳税人识别号、发票金额等。

制作凭证

根据免税发票信息制作收入凭证和税金凭证，并在凭证上注明是免税发票。

账务处理

根据会计处理规定，将凭证录入会计软件系统进行账务处理，包括收入总账、明细账、科目余额表等，并做好财务报表。

税务处理

对于增值税专用发票，认证后应作进项税额转出处理。

在填报增值税申报表时，将免税发票的销售收入额单独列出，并在纳税申报表中注明免税销售收入的金额。

报税

在报税时，将免税发票的销售收入额单独列出，并在纳税申报表中注明免税销售收入的金额，以便税务机关进行核对。

请注意，免税企业收到增值税专用发票后，需要到税务局进行认证，认证后作进项税额转出处理。如果免税企业开具了增值税专用发票，需要去税务局验证后再转出进项税。