工程分包款的入账处理需要遵循以下步骤：

预付工程款

根据合同约定支付的预付款应计入“应付账款——应付分包款”科目。

借：应付账款——应付分包款

贷：银行存款

取得分包开具发票

当分包商提供发票时，应根据发票内容进行账务处理。

一般纳税人：

借：合同履约成本——工程施工——分包工程费用

应交税费——应交增值税（销项税额抵减）

贷：应付账款/银行存款

小规模纳税人：

借：合同履约成本——工程施工——分包工程费用

应交税费——应交增值税（小规模纳税人，可以是普票）

贷：应付账款/银行存款

工程款结算

根据与分包企业确认的结算通知单，确认应付的工程款。

借：合同履约成本——工程施工——分包工程费用

贷：应付账款——应付分包款

支付工程分包款

实际支付款项时，应根据实际支付金额和合同条款进行账务处理。

借：应付账款——应付分包款（扣除代扣税款等）

贷：银行存款

期末处理

根据经营部门出具的“已完工作量审核凭单”，进行期末结算。

借：工程结算

贷：应付账款——应付分包款

以上步骤应结合企业的实际情况和会计准则进行具体操作。需要注意的是，不同纳税身份和合同条款可能会影响具体的会计分录和税务处理