个体药店门店的扣税方式通常遵循以下步骤和规定：

确定纳税身份

药店作为个体工商户，需要缴纳增值税、城市维护建设税、教育费附加、个人所得税等。

税收征收方式

核定征收：税务机关根据药店的经营额核定一个固定的税额，不论实际营业额多少，税额不变。

查账征收：药店需要自行申报收入，税务机关根据账簿记录核实后，进行多退少补。

主要税种及计算方式

增值税：按月不含税销售额乘以4%计算，按月缴纳给国税。

城市维护建设税：根据增值税额乘以相应的城建税率（城市7%，县城、建制镇5%，其他地区可能不同），按月缴纳给地税。

教育费附加：按增值税额乘以3%，按月缴纳给地税。

个人所得税：若未建账，一般按销售额乘以征收率（如2%），按月缴纳给地税。

其他税种：可能包括房产税、土地使用税等，具体计算和缴纳方式依据当地规定。

纳税流程

新开业药店可申请定期定额征收。

签订《委托代扣税款协议书》，通过银行储蓄账户自动扣税。

月收入5000元以下可能免征增值税及附加税。

申报纳税

即使没有收入，药店也应进行零申报。

使用税控开票系统进行远程抄报税，或到办税服务厅自助机办理。

注意事项

药店业主的工资在税前不得扣除。

区分个人家庭费用与经营费用，经营费用可在税前扣除。

请根据药店的具体经营情况和当地税务机关的规定进行申报和缴纳税款。若有更多疑问或需要具体操作指导，请咨询当地税务局或专业税务顾问