专项应付款在财务报表中的反映主要通过以下方式：

现金流量表

收到专项拨款时，反映在现金流量表中的“收到的其他与筹资活动有关的现金”项目。

发生专项款支付时，反映在现金流量表中的“支付的其他与筹资活动有关的现金”项目。

资产负债表

专项应付款通常作为“长期应付款”列示在资产负债表中，作为非流动负债的一部分。

账务处理

收到专项拨款时，会计分录为：`借：银行存款 贷：专项应付款`。

发生专项款支付时，会计分录为：`借：专项应付款 贷：银行存款`。

当专项应付款用于形成固定资产或无形资产时，会计分录为：`借：固定资产/无形资产 贷：在建工程`，同时结转专项应付款：`借：专项应付款 贷：资本公积-拨款转入`。

对于未形成资产需核销的部分，会计分录为：`借：专项应付款 贷：管理费用`。

拨款项目完成后，如果有拨款结余需要上交的，会计分录为：`借：专项应付款 贷：银行存款`。

专项应付款的明细核算可以通过设置明细账进行，确保专款专用，并反映在相关的财务报表中。