工程审计主要审查以下几个方面：

审批文件审计

审查项目建议书、可行性研究报告、环境影响评估报告、概算批复等文件是否齐全。

施工单位资质审计

确认施工单位是否具备相应的资质，以及是否建立了完善的质量责任制考核办法。

内控制度审计

检查建设单位是否建立了并执行了各项内控制度，如工程签证、验收制度等。

手续合规性审计

审查工程设计变更、施工现场签证手续是否合理、合规、及时、完整、真实。

成本核算及账务审计

审查工程成本核算及账务处理是否符合国有建设单位会计制度的要求。

建设资金审计

检查建设资金是否专款专用，是否按照工程进度付款，有无挤占、挪用等问题。

投资效益审计

评审投资效益等经济技术指标是否达到要求，对投资项目的经营管理、营销状况等方面进行综合分析。

工程造价审计

审核单项、单位工程的造价，按照工程量套定额。

竣工财务决算审计

将造价工程师审定的造价与未经审定的所有支出加在一起，审查是否存在不合理支出。

其他审计

包括项目立项及执行情况、建设成本、招投标、合同管理、交付使用资产、尾工工程等。

工程审计的目的是确保建设项目的合规性、经济性和效益性，同时遵守相关法律法规，如《审计法》等。