根据现金管理暂行条例，员工报销超过结算起点1000元以上的金额应该通过转账（或开现金支票）的方式进行。这意味着，如果员工需要报销的金额超过了这个数额，公司应该使用电子支付或银行转账的方式将款项转给员工，而不是以现金形式直接支付。

请注意，转账金额可能会受到地区规定的限制，不同地区可能有不同的限额标准。一般情况下，单笔转账金额上限可能是5万元人民币，但具体情况需要根据当地的规定来确定。