废品发票扣税的填写流程如下：

开具发票

开立增值税专用发票，将废品处置收入开票，并填写相关信息。

税率栏填写零，税额栏填写零。

其他项目按增值税专用发票的相关开具规定填写。

计算税额

根据国家规定的税率，计算需缴纳的增值税金额。

缴纳税款

将计算出的增值税金额，按照规定的时间和方式缴纳给税务机关。

保存缴税凭证

缴税后，需保存缴税凭证。

填报税务申报表

参照税务机关的要求，按时完成税务申报表的填写和报送工作。

其他报表

根据税务机关的要求，按时完成其他相关报表的填写和报送工作。

请确保按照最新的税法规定和税务机关的指导进行操作，如有变动，请及时关注税务局的公告和通知。