当前，有多款软件拥有机器学习（Machine Learning, ML）相关的认证或支持ML构建系统进化树的功能。以下是一些具有ML认证或支持ML构建系统进化树功能的软件：

Google的TensorFlow Developer Certificate

这是一个证明个人或组织在机器学习领域具备专业知识和技能的认证。

Microsoft的Azure Machine Learning Engineer认证

这是微软提供的认证，证明持证者在Azure机器学习服务方面具备专业技能。

CMMI ML 5认证

CMMI（Capability Maturity Model Integration）ML 5是CMMI认证体系中的最高等级，表明软件研发能力、项目管理能力和方案交付能力达到国际最高优化管理级。

MEGA软件

MEGA 5.0版本支持通过机器学习（ML）构建系统发育树，但低于5.0版本则不支持。

RAxML

RAxML支持线下操作（通过命令行界面GUI）和线上操作，线上版本推荐使用。

PhyML

PhyML同样支持线下和线上操作，线上版本推荐使用，操作方便且好用。

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