收购发票的认证抵扣流程如下：

增值税专用发票

直接到税务局认证或通过网上认证系统进行认证。

农产品收购发票

可以按照发票上注明的金额和规定的扣除率（如13%）计算进项税额进行抵扣。

对于小规模纳税人，可能按照3%的征收率计算抵扣。

认证方法

在网上认证软件上输入发票号码和金额，获取进项认证通知书。

在增值税申报时，将相关信息填写在相应的申报表上。

注意事项

确保发票内容准确完整，包括货物或应税劳务名称、规格型号、数量、单价等信息。

进口农产品可根据海关进口增值税专用缴款书上的增值税额进行抵扣。

农产品收购发票或销售发票上注明的买价和扣除率是计算进项税额的依据。

咨询与确认

具体操作可能因地区而异，建议咨询当地税务局或专管员获取最准确的指导。

请根据最新的税法规定和税务局的具体要求操作，因为税法和相关政策可能会有更新变化