苗木补植款的开票流程通常遵循以下步骤：

确认发票内容

填写补偿费用、购买方、销售方等信息。

确认补偿的类型、数量、金额等关键信息。

确定发票类型

根据补偿金额和具体情况，选择普通发票、专用发票或电子发票。

如果苗木补偿不属于增值税应税项目，通常开具普通发票。

付款与开票

付款完成后，根据所选的发票类型，开具发票并寄出或发送至指定邮箱。

记录开票信息

记录发票代码、发票号码、开票日期等信息。

税务处理

如果是房地产开发企业支付给农户的青苗补偿费，可以凭收款收据或政府或村委会出具的行政事业单位收据入账。

对于建筑服务苗木移植，可能需要按照国家税务局的规定开具增值税普通发票或专用发票。

咨询专业人士

对于特殊业务，如苗木移植，建议咨询财务或会计专业人士进行具体操作。

请注意，具体操作可能因地区政策和规定而有所不同，建议与当地主管税务机关联系确认