申请百万元版发票的步骤通常包括：

准备申请资料

纳税人的基本信息。

开票信息，包括购买方和供应方名称、开票金额等。

税务登记证、营业执照等必要文件。

与客户签订的大额合同复印件。

开具给客户的发票复印件。

合同的回款单、近三个月的报表及税收申报表。

法人身份证复印件加盖公章。

防伪税控最高开票限额申请审批表。

购销合同、上年及当年销售额等可证明申请条件的资料。

提交申请

将准备好的资料提交至当地税务机构备案。

在电子税务局进行申请，并等待税务机关审核。

实地考察

税务局可能会对公司进行实地考察，以核实地址和了解公司情况。