公司进项税的抵扣通常遵循以下步骤和规则：

判断纳税人身份

只有查账征收的一般纳税人才能抵扣进项税，小规模纳税人和简易征收的一半纳税人不能抵扣进项税。

准备合法合规的抵扣凭证

增值税专用发票。

海关进口增值税专用缴款书。

农产品收购发票或销售发票。

通行费、国际旅客运输服务普通发票等。

确认可抵扣项目

购进货物或接受劳务所取得的增值税专用发票上注明的增值税款。

进口货物从海关取得的完税凭证上注明的增值税款。

购进农业生产者销售的农业产品，或向小规模纳税人购买的农产品，按照规定的扣除率计算抵扣进项税。

纳税人支付运输费用，根据运费发票上注明的金额乘以规定的扣除率计算抵扣进项税。

进项税额的计算和抵扣

凭票抵扣：取得合法扣税凭证上注明的增值税额，从销项税额中抵扣。

计算抵扣：购进农产品等特定项目，按照规定的扣除率计算进项税额。

核定抵扣：特定情况下，如购进农产品，实行核定扣除办法。

纳税申报和认证

在取得增值税进项专用发票后，应在规定时间内（如90天内）进行认证。

只有通过认证的发票进项税方可以抵扣。

报税时，将进项税额抵扣到销项税额中，减少实际缴税金额。

分期抵扣

进项税额可以分期抵扣，以缓解现金流压力。

分期抵扣金额通常不超过期初应缴税款总额的50%。

注意事项

抵扣的前提是取得合法有效的税收发票。

抵扣时要认真审核发票的有效性，防止无效票据。

抵扣的进项税额不能全部抵扣当期的销项税额，需按规定记入“待抵扣税额”。

请根据最新的税法规定和公司的具体情况，进行进项税额的抵扣操作。