增值税专用发票的抵扣流程通常包括以下几个步骤：

认证发票

将税控盘插入电脑主机，登录增值税综合服务平台。

选择需要认证的月份，查询并勾选纸质发票。

保存勾选信息，提交认证申请。

进行统计核对，确认无误后，输入密码，勾选认证成功。

填写增值税申报表

登录电子税务局，填写增值税申报表附表二，其中进项税额栏次的数据会自动带入主表。

报税

在规定的抄税期内，使用税控机进行抄税。

打印进项税和销售发票清单。

根据打印清单填写各种报表，包括会计报表。

会计分录

收到进项发票时，会计分录为：借：原材料 应交税金-应交增值税-进项税额 贷：现金/银行。

开出增值税发票时，会计分录为：借：银行/现金/应收账款 贷：主营业务收入 应交税-应交增值税-销项税额。

申报纳税

在增值税纳税申报表上申报认证通过的进项税额，并从销项税额中抵减。

抵扣不完的进项税额可以留到下月继续抵扣，不足抵扣的部分需要缴纳相应的税金。

请注意，以上步骤可能因地区或政策更新而有所变化，建议根据当地税务局的具体指导进行操作。