三证合一后，国税的处理流程主要包括以下几个步骤：

变更税务登记信息

纳税人需要作废手中全部发票，并确保开票系统联网且数据上传成功。

纳税人登录“网上办税服务厅”查询发票结存数量，确保所有发票结存为零。

纳税人持税控设备到办税服务厅进行非征期报税。

纳税人持税控设备到办税服务厅金税注销窗口注销税控设备。

纳税人到办税服务厅税务登记窗口办理三证合一变更手续。

纳税人到一般纳税人资格登记岗办理金税档案维护。

纳税人持税控设备到办税服务厅金税发行窗口重新发行设备。

纳税人持税控设备、购票人身份证到办税服务厅发票售卖窗口申领新发票。

银行信息变更，重新签署“税银联网三方协议”。

提交变更申请

纳税人可以在国税网上发起变更申请后提交资料变更。

准备必要文件

办理三证合一后的税务登记时，需要携带营业执照、组织机构代码证、税务登记证的原件和复印件。

填写《纳税人信息变更表》并提交给国税局。

等待审核

提交变更申请后，需等待国税局审核，审核通过后，国税局将发放新的税务登记证。

更新企业信息

将新的税务登记证信息录入到企业信息库中，完成备案。

在整个过程中，请确保所提交材料真实有效，并遵循国税局的规定流程。如果有税控盘和空白发票，也需要带上，并且作废的发票也需要一并处理。

需要注意的是，变更税务登记信息可能会影响企业的开票系统和银行账户，因此务必提前做好准备，以免影响企业的正常运营。