企业申报关联交易的两种主要方式如下：

网上申报

通过电子税务局网站进行申报，通常在“我要办税”或“税费申报及缴纳”模块中。

选择“非按期申报”项目下的“关联业务往来报告表”进行填写并提交。

上门申报

直接前往税务部门柜台进行申报。

申报内容：

填报《企业所得税关联交易申报表》，提供收入、成本、费用等详细信息。

完善相关的商业、法律等证明材料。

提交审核：

将填报的表格和资料提交给当地国家税务局或地方税务机关进行审核和审批。

注意事项：

实行查账征收的居民企业和在中国境内设立机构、场所并据实申报缴纳企业所得税的非居民企业需要进行关联申报。

关联申报是年度企业所得税申报的重要附报资料，应与年度企业所得税申报同时完成。

关联申报的范围包括实行查账征收的居民企业和在中国境内设立机构、场所并据实申报缴纳企业所得税的非居民企业。