付款申请单应该按照以下步骤处理：

发起申请 ：由有责任购买物品或服务的部门发起付款申请，填写付款原因、金额、收款人等信息。

提交审核：

将申请提交至财务部门进行审核，确认商品或服务符合规定。

审批流程

财务部门审核无误后，生成付款审批单。

审批单可以通过以下方式获取：

财务部门打印纸质审批单并直接发放。

财务部门将审批单扫描成电子版，通过公司内部邮箱或共享平台发送。

如果公司有在线审批系统，可以直接登录系统查看审批单。

后续操作

获取审批单后，核对信息无误后进行后续操作。

财务部将付款申请单与付款凭证装订在一起，并附上付款的银行回单。

完成商品采购并确保按时交付，及时缴纳应付费用。