运费发票的认证流程通常包括以下几个步骤：

准备认证材料

运输发票原件。

购货方合同原件及复印件。

购货方和销货方的单位法人营业执照原件及复印件。

提交认证材料

可以到税务局的办税大厅提交材料，或者利用税务局提供的网上办税系统进行在线提交。

税务机关审核

税务机关会对提交的材料进行审核，验证发票的真实性、合法性以及是否符合相关发票管理规定。

认证相符的清单

认证通过后，税务局会打印出一份认证相符的清单。

税额计算

对于增值税一般纳税人，可以根据运费结算单据上所列的运费金额，按照规定的扣除率计算进项税额准予扣除。

认证方式

可以选择到税务服务部门窗口认证。

使用电脑手动认证。