国税系统负责征收的税种主要包括：

1. 增值税

2. 消费税

3. 进口产品增值税、消费税

4. 直接对台贸易调节税（海关代征）

5. 铁道、各银行总行、保险总公司集中缴纳的营业税、所得税、城市维护建设税

6. 中央企业所得税

7. 地方银行和外资银行及非银行金融企业所得税

8. 海洋石油企业所得税、资源税

9. 储蓄存款利息所得个人所得税

10. 个体工商户和集贸市场缴纳的增值税、消费税

11. 中央税、共享税的滞纳金、补税、罚款

12. 证券交易税（未开征前先征收在证券交易所交易的印花税）

13. 境内的外商投资企业和外国企业缴纳的增值税、消费税、所得税

14. 出口产品退税管理