存货的净损失应根据具体情况计入不同的会计科目：

1. 如果存货的净损失是由于计量收发差错、管理不善等原因造成的，应先扣除残料价值、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，然后将净损失计入管理费用。

2. 如果存货的净损失是由于自然灾害等非常原因造成的，应先扣除处置收入（如残料价值）、可以收回的保险赔偿和过失人赔偿，然后将净损失计入营业外支出。

3. 对于因非正常原因导致的存货盘亏或毁损，按规定不能抵扣的增值税进项税额，应当予以转出。

需要注意的是，会计政策可能会有更新，因此具体的会计处理应遵循最新的会计准则和相关法规。