物流公司需要缴纳的税种主要包括：

增值税

一般纳税人：提供交通运输服务的税率为9%，提供物流辅助服务的税率为6%。

小规模纳税人：征收率为3%。

企业所得税

税率为25%，对小型微利企业可能有优惠税率。

个人所得税

员工工资、薪金所得适用3%-45%的七级超额累进税率。

劳务报酬所得适用20%-40%的税率。

个体工商户或个人独资企业投资者按“经营所得”缴纳个人所得税，适用5%-35%的五级超额累进税率。

城市维护建设税

税率根据地区不同，市区为7%，县城、镇为5%，其他地区为1%。

地方教育附加

征收率为2%，以实际缴纳的增值税为计费依据。

印花税

签订运输合同、仓储合同、物流服务合同时需缴纳，例如运输合同按运输费用的万分之三贴花。

其他税费

包括房产税、车船税、土地使用税等。

物流公司还需注意根据当地政策申报其他可能的税费，如教育费附加、地方教育费附加、水利建设税等。

请注意，税收政策可能会有更新和变化，具体情况建议咨询当地税务机关或专业税务顾问