农民工工资保证金应属于押金性质，缴纳的时候不应计入成本，而应计入其他应收款。如果发生拖欠农民工工资而动用农民工保证金的话。产生的支出建设单位应计入成本中的“建筑安装费”，施工企业应计入成本中的“人工费”；如果没有发生拖欠，可在竣工后办理退回保证金，那时冲回其他应收款就可以。

公司缴纳农民工保证金会计分录如下：

1、公司缴纳农民工保证金，会计分录为：

借：其他应收款——收款人名称

贷：银行存款

2、公司收回保证金时：

借：银行存款

贷：其他应收款——收款人名称

3、公司无法收回保证金时：

借：营业外支出

贷：其他应收款——收款人名称

公司缴纳农民工保证金应根据是否能收回，通过“其他应收款”或“营业外支出”科目核算。其他应收款是指企业除买入返售金融资产、应收票据、应收账款等以外的其他各种应收及暂付款项。营业外支出是指除主营业务成本和其他业务支出等以外的各项非营业性支出。