分包抵扣的计算方法如下：

计算抵扣金额

使用以下公式计算抵扣金额：

```

抵扣金额 = （总收入 - 分包支付款）/（1 + 3%）× 3%

```

税务处理

分包单位需向总包单位提供增值税专用发票。

总包单位核对发票信息，确保准确无误。

在增值税申报表中填写进项税额。

将抵扣的进项税额报告给主管税务机关，并经过审核后，总包单位即可抵扣相应的进项税额。

会计处理

总包单位支付分包费用时，会计分录为：借：在建工程/工程支出；贷：银行存款/应付账款。

收到分包发票后，会计分录为：借：应交税费-进项税额；贷：在建工程/工程支出。

进行税务抵扣时，会计分录为：借：应交税费-应交增值税（销项税）；贷：应交税费-进项税额。

合法有效凭证

总包单位在抵扣时，需要取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证，如增值税发票。

请注意，以上步骤和规定可能会随着税法和相关政策的更新而变化，请以最新的税法规定为准。