根据中国增值税法规定，企业支付运费时，可以计算进项税额进行抵扣。以下是计算运费进项税额的基本步骤和注意事项：

确认发票真实性

确保从运输公司获取的发票真实有效。

核对金额

发票上注明的运费金额应与实际支付的金额相符。

计算进项税额

使用公式：`运费进项税额 = 运费发票金额 × 适用扣除率`。

扣除率根据运输方式和地区可能有所不同。

合法凭证

必须取得合法有效的增值税专用发票或其他运输费用结算单据。

实际发生

运输费用必须是实际发生的，并与企业的生产经营活动直接相关。

合理价格

运输费用的价格应符合市场行情和行业标准。

抵扣时限

抵扣时限应符合税收法规的规定，逾期将无法享受抵扣政策。

账务处理

根据费用性质，运费可能会计入销售费用、管理费用或原材料成本等。

抵扣申报

在进行增值税纳税申报时，将符合条件的运输费用作为进项税额进行抵扣。

税务审核

税务机关会对企业申报的抵扣项目进行审核，确保符合相关法规和政策要求。

请注意，税法规定可能会随时间变化，具体操作时应参考最新的税法规定和相关政策。