苗木运费应根据具体情况计入不同的会计科目：

1. 如果苗木是用于公司内部种植，并且最终将苗木销售，那么苗木运费可以计入销售费用科目。

2. 如果苗木是用于公司内部种植，并且苗木是作为公司资产的一部分，那么苗木运费可以计入生产成本科目。

3. 如果苗木是作为公司资产的一部分，并且公司不打算将苗木销售，那么苗木运费可以计入消耗性生物资产科目。

4. 对于苗木生产基地产生的苗木运费，如果是用于苗木的购买，可以计入生产性生物资产科目。

请根据您的具体情况选择合适的会计科目进行核算。